Dr. Patrick Kemmeren
Onderzoeker Patrick Kemmeren werkt in het Prinses Máxima Centrum. Hij vertelt hoe het voor hem en zijn onderzoeksgroep is om vanuit huis te werken.
Wat onderzoek je?
Binnen mijn onderzoeksgroep hebben we verschillende onderzoeksprojecten die allemaal gebruik maken van grote computers en ingewikkelde software om de gegevens die we krijgen uit het tumor DNA te analyseren. Deze manier van werken heet ook wel “bio-informatica”.
In ons specifieke geval, zijn we vooral geïnteresseerd in welke afwijkingen in het DNA wel in de tumor voorkomen, maar niet in het gezonde weefsel. Ook willen we weten welke andere DNA gerelateerde eigenschappen uniek zijn voor het tumor materiaal. Die informatie gebruiken we dan vervolgens weer in de onderzoeksprojecten.
Een ander voorbeeld is het gebruik van DNA methylatie data. Deze data geven ons inzicht in welke delen van het DNA actief gebruikt worden in de tumorcellen. Dat kunnen we vervolgens dan weer gebruiken om een programma te maken dat met een bepaalde waarschijnlijkheid kan voorspellen met welke vorm van kinderkanker we te maken hebben.
Daarnaast ontwikkelen en verzorgen we in opdracht van het diagnostisch lab en biobank een aantal standaard data analyses. Deze data analyses worden enerzijds gebruikt door het diagnostisch lab om de diagnose van de patiënt te bepalen. Anderzijds worden de data en bijbehorende analyses beschikbaar gesteld aan de verschillende onderzoeksgroepen in het Prinses Máxima Centrum die dat vervolgens weer gebruiken voor hun onderzoeksvragen.
Waarom is onderzoek naar dit onderwerp zo belangrijk?
Dat is tweeledig. Enerzijds willen we beter begrijpen welke (combinaties) van afwijkingen in het DNA leiden tot bepaalde vormen van kinderkanker. Door het in kaart brengen van deze afwijkingen, verwachten we op termijn meer te weten te komen over welke processen in de cel actief zijn en hoe deze beïnvloed worden door de tumor.
Ook verwachten we met het in kaart brengen dat we mogelijke aangrijpingspunten vinden voor het gebruik van gerichte medicijnen. Bijvoorbeeld als het gaat om de combinatie van DNA afwijkingen die weinig voorkomt. De veronderstelling daarbij is dat de combinatie schadelijk is voor de tumorcellen. Stel dat een tumor een DNA afwijking al heeft en we kunnen de tweede DNA afwijking nabootsen door het geven van een medicijn, dan zouden we veel gerichter de tumorcellen kunnen aanvallen met minder bijwerkingen als gevolg.
Daarnaast leveren we direct de data analyses aan die in het diagnostisch lab gebruikt worden bij het stellen van de diagnose. Deze zogenaamde “precision medicine” benadering zorgt ervoor dat op basis van de DNA gegevens een veel nauwkeurigere diagnose en behandeling kan worden gegeven. Daarmee hebben we als onderzoeksgroep dus direct impact op de zorg en dragen wij ons steentje bij aan het beter maken van de patiënten.
Wat hoop je (op korte termijn) met dit onderzoek te bereiken?
Op dit moment hebben we een eerste versie van een overzichtskaart gereed. Op deze kaart staat welke combinaties van DNA afwijkingen veel of juist weinig voorkomen in verschillende vormen van kinderkanker. Dat hebben we gedaan met behulp van heel veel data en hebben daarvoor in totaal van ruim 2,600 kinderen het tumor DNA geanalyseerd. Het artikel over onze eerste bevindingen verwachten we voor de zomer gereed te hebben.
Ondertussen lopen de vervolgproeven al om onze voorspellingen in het lab te kunnen testen. Dat doen we dan weer samen met Jarno Drost, specialist op het gebied van niertumoren. Dat is ook het mooie van het Prinses Máxima Centrum. Mijn onderzoeksgroep gebruikt data van allerlei vormen van kinderkanker en de data leiden ons als het ware een bepaalde kant op. Dat kan je niet altijd voorzien en is dus ook onmogelijk om zelf alle kennis in huis te hebben. Door samen te werken met de onderzoeksgroepen die gespecialiseerd zijn in bepaalde vormen van kinderkanker, kunnen we echter wel onze voorspelling in de computer daadwerkelijk testen in het lab. Daarmee verwachten we ook dat we meer kans van slagen hebben om die ene doorbraak te vinden die echt gaat helpen bij het voorkomen of behandelen van kinderkanker.
Wat heeft jou gedreven om onderzoek in de kinderoncologie te gaan doen?
Vanaf mijn middelbare school ben ik altijd al geïnteresseerd geweest in twee dingen: medische wetenschap en computers. Niet dat ik zelf arts wilde worden, maar wel het onderzoek doen naar en meer te weten komen over hoe bepaalde zaken werken in het menselijk lichaam en hoe we kunnen voorkomen dat we ziek worden of sneller kunnen herstellen.
Met de enorme vlucht van nieuwe technieken, is het ook mogelijk geworden om met behulp van computers en programma’s meer te weten te komen over ons menselijk lichaam. Met name op het gebied van kanker heeft dat tot gevolg gehad dat de computer niet meer weg te denken is in het onderzoek. Daarnaast vind ik het enorm belangrijk dat kinderen zoveel mogelijk kansen krijgen om zichzelf te ontplooien en gezond en gelukkig te kunnen zijn. Een ziekte als kinderkanker is dan ook onacceptabel.
Ik ben ervan overtuigd dat we in het Prinses Máxima Centrum een unieke kans hebben om kinderkanker de wereld uit te helpen. Door onze expertise op data en bio-informatica gebied en in nauwe samenwerking met andere onderzoeksgroepen, maar ook het diagnostisch lab, dragen wij ons steentje bij om zodoende onze missie te bereiken “100% genezing met optimale kwaliteit van leven”.
Op welke manier kan het onderzoek in deze periode toch doorgaan?
De situatie waar we ons nu in bevinden, is een behoorlijke uitdaging voor de voortgang van het onderzoek in het Máxima en dan met name voor het onderzoek waar de fysieke aanwezigheid noodzakelijk is. Doordat het onderzoek dat wij doen gaat met behulp van de computer kan dit gelukkig grotendeels doorgaan. Het rekenwerk doen wij op grote rekenclusters die van afstand te bereiken zijn. Door gebruik te maken van online communicatie tools vindt een groot deel van onze werkzaamheden nog steeds plaats. Aangezien we deze tooling al gebruikten, was het voor ons ook relatief eenvoudig om helemaal “virtueel” te gaan werken. Iedere onderzoeker heeft zijn eigen werklaptop en kan op die manier vanuit huis werken en bij de virtuele serveromgeving en rekencluster.
Wat is het effect van thuiswerken op het onderzoek?
Dat is lastig om een antwoord op te geven en ligt ook veel aan de (persoonlijke) situatie. Wij maken primair gebruik van computers en kunnen redelijk goed doorwerken in de huidige situatie. Daarnaast spelen ook persoonlijke omstandigheden heel erg mee. Mensen met kinderen moeten sinds het sluiten (en nu weer voorzichtig opengaan) van de scholen een balans zien te vinden tussen thuiswerken en kinderen thuisonderwijs geven. Dat is best lastig (ik spreek uit ervaring).
De isolatie van je collega’s is voor iedereen echter lastig. Essentieel onderdeel van het doen van onderzoek, is interactie en creativiteit. En juist deze zaken zijn nu heel lastig vorm te geven. Praktische overleggen met actielijsten, plan van aanpak en taakverdelingen zijn eenvoudig voort te zetten en zie je ook goed lopen.
Brainstormsessies over toekomstplannen, doorontwikkeling van de projecten en algemene ideeën uitwisselen zijn zeer lastig online te regelen. Dat merken we niet meteen, maar als deze periode lang duurt, zal dat ook zijn weerslag hebben op het uitwerken van nieuwe ideeën en opstarten van nieuwe onderzoeksprojecten.
Daarnaast zijn natuurlijk ook de sociale contacten een groot gemis, een praatje bij de koffieautomaat, een korte brainstormsessie of algemeen interesse in het welzijn zijn een belangrijk onderdeel van ons sociaal (werk)leven.
Hoe ziet jouw werkplek er op dit moment uit?
Veel achter de computer, hetzij op mijn werkkamer, beneden aan de eettafel (met thuisonderwijs) of (heel af en toe) op het werk. Gelukkig helpt het dat we naast de laptop ook externe schermen hebben, waardoor je veel informatie kwijt kan en je tijdens overleggen niet alleen de mensen ziet, maar ook een presentatie, document of je desktop kan delen.
Zijn er ook voordelen bij het thuiswerken?
Zeker, creatieve uitdagingen in het vinden van nieuwe werkwijzen en communicatie biedt ook kansen om meer gebruik te (blijven) maken van online hulpmiddelen. Daarnaast zijn online meetings met meerdere personen vaak efficiënter en taakgerichter.